Celý systém výroby a spracovania mlieka sa riadi princípmi HACCP (skratka z anglického názvu, ktorý v preklade znamená „ Analýza rizík a kritických kontrolných bodov“) a Správnej hygienickej praxe. Je to systém, ktorým sa určujú, hodnotia a ovládajú riziká významné pre zdravotnú bezpečnosť potravín.

HACCP stanovuje aj systém opatrení a činností prevádzkovateľa zameraný na zabezpečenie a preukázanie zdravotnej neškodnosti potravín. Je to nástroj, pomocou ktorého podnikový manažment organizačne a technicky zabezpečuje zdravotnú neškodnosť produkcie potravín od prvovýroby cez spracovanie, distribúciu, predaj až po spotrebiteľa.

Hygienické opatrenia sa týkajú prevádzkárne, zvierat, personálu, technologických zariadení, materiálov, čistenia a sanitácie, skladovania, prepravy atď.

Napríklad pracovníci, ktorí sa zúčastňujú na získavaní a spracovaní mlieka, musia byť zdraví, podliehajú pravidelným lekárskym prehliadkam a musia mať zdravotné preukazy. Pracovníci sú pravidelne preškoľovaní o systémoch, ktoré zabezpečujú ich zdravotnú bezpečnosť. Všetky priestory a technologické zariadenia podliehajú sanitačnýcm opatreniam.

Všetky postupy a opatrenia na zabezpečenie kvality mlieka a mliečnych výrobkov sú súčasťou podrobnej dokumentácie, ktorá podlieha prísnej kontrole veterinárnych orgánov a inšpekcií.
Kvalita surového kravského mlieka, ktoré môže byť použité na ďalšie spracovanie na ľudskú výživu, ako aj kvalita spracovaného mlieka a mliečnych výrobkov, je daná legislatívou EÚ. Sú stanovené fyzikálno-chemické, biologické a mikrobiologické vlastnosti mlieka.
V mliekarni sa denne pri preberaní mlieka odoberie vzorka mlieka. Zvyčajne sa stanovuje obsah tuku, bielkovín, kyslosť, teplota tuhnutia, rezíduá antibiotík, špecifická hmotnosť, počet somatických buniek, celkový počet mikroorganizmov, merná hmotnosť a prípadne i kvasná skúška, sporulujúce anaeróby a pod.
Podrobnú analýzu mlieka a jeho kvalitatívne zaradenie uskutočňujú nezávislé certifikované centrálne laboratóriá.